そうなんですね。こちらでは0.5秒以内（早くて分からない）です。
dll と ini は HoneySelect2.exe と同じディレクトリに配置していますか？
配置が違うと意味のないファイルになります。
それから、こちらの古いバージョン限定のdllとiniでもコンソールは消えます。
https://yuki-portal.com/uploader/honeyselect2/mod/%e3%82%b7%e3%82%b9%e3%83%86%e3%83%a0%e3%83%91%e3%83%83%e3%83%81-%e3%83%97%e3%83%a9%e3%82%b0%e3%82%a4%e3%83%b3/66435/
VNGE の他の修正は組み込まれたわけですがコンソールの修正はそのままです。
核の部分は複数のパーツとして複数の人が作っているわけですが、人が作った部分まで直すようにならなかったという事でしょうかね。
最終的に動かなければ残念ではありますが、問題なく動く環境もあります。
ダメ元だと思って色々試してみるといいかもしれません。