そのまま入れるのが正解だと思う
>>272の言う通り主流のMOD構成は本体ファイル(abdataとかxx_Data)とMODファイル(BepInExとmods)でほぼ別れてるから
エクステンション入れても本体ファイルの方に追加と更新が入るだけでMODには影響が無い

>>300の順でやるとエクステンションで最新になった本体ファイルに、HFに入ってるサンシャイン公式追加データで上書きされるから事故ると思う