それはAEにアップグレードしてから？
もしそうだとしたらマスターファイルがSEのままだから安定しないのかもね。PCの方もAEにアップグレードすると一部のmodが機能されなくなるって当時騒がれてたし。自分はSEで海外版のままだけどSLとFE、AAは問題なく動作してるよ。