MEでメガネのマテリアルをコピーして通常のものとglassシェーダーに分け、メインテクスチャもレンズとそれ以外に切り分けたものを適用すればレンズの透明度だけ変えられます
MODつくるならblenderでマテリアル2つ用意してそれぞれのメッシュを割り当ててsb3uでメインアイテムとグラスシェーダーを設定する