・zipmodに入ってる.unity3dファイルを純正フォルダ「\Koikatu\abdata\chara」に入れる
・.unity3dファイルだけを抜いて作ったzipmodをmodフォルダに入れる
これでゲーム起動して普通にmodが表示されればコイカツの純正フォルダから参照できてることになるから
あとは純正フォルダ内の.unity3dを適宜修正して、ゲームに反映させたければRuntimeUnityEditorの
「Clear Bundle Cache」を押せばキャッシュクリアできます
クリアしただけでは即時反映しないので、キャラカとかを読み直せば反映されるよ