他の方法は知らないです
1-1 だいじょうぶ
1-2 だいじょうぶ
1-3 だいじょうぶ ただしmodsフォルダについて、誤解があるといけないので表現改めます
「※全部盛りパックのmodsフォルダは、元のmodsフォルダ内の旧ファイルを削除してから上書きして下さい。」
↓
「※全部盛りパックのmodsフォルダ内の5つのファイルについては、その旧ファイルを元のmodsフォルダ内に持つ人は
それらを検索して削除した上で上書きして下さい」
2，どっちの疑問も可能性は充分あります。その時は自力で当該キャラカに必要なmodsを突き止めて探すしかありません
3，HFパッチのバージョンアップ→システム系Modｓも部品系modsもすべてさいしんばんになります
initsetteing.exe内の「ゲームを更新する」→launcherのボタン押下した状態では部品系modsのバージョンアップだけが選択されます
それ以外のバージョンアップは隣のボタンの『KK_manager』の仕事らしい。使ったことないので詳細は知らないッス
4，という訳で「ゲームを更新する」押下では部品系modsだけが最新版になりますので理論上、障害は起きないはず
だがしかーし！！(`･ω･´) HFにはバグが常に内包されてるので必要なmodsがなぜか消されていたりすることがわりと起きます
全部自己責任です(=ﾟωﾟ)ﾉ