うーんその症状になった事は一度もないですねーたまにと言うことは毎度確定じゃないんですよね？
例の動画通りにMeshes〜Miscまで全部チェック入れて
Compress Archive、Retain Directry Names、Retain File Namesの3つにチェック入れて
MeshesとTexturesをドラッグ＆ドロップ、Edit>Check All Itemsでドロップした全てにチェック入れて
File>Save AsでData内のXB1フォルダに名前を付けて保存
やり方は同じですよね？何度もなるようでしたら一度SteamからSSEとCKをアンインストールして
もう一度入れ直した方がいいのかも知れませんね
bsaの中を見るのはBSA Browserを使ってますがほとんど使用した事はないっすｗ