透明じゃない削除されたスレッドをread.cgiで表示させないって言うのはどうでしょうか？
要するに「うふ〜ん」のあるレスを表示させないのです

それなら透明削除によるレス番の再構築が不要になるのと、
サーチエンジンのクロールにも支障を来たさないのではと思います
（削除されたレスはそもそも表示されないのでクロールされない）