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あら、大変。

病院で診察を受けて、中絶等を検討した方がいいかもしれません。

病院は医療機関であり、警察ではないので、
特に小さめな病院で母体保護法指定医の病院ならプライバシーもまず大丈夫です。

ただし、そうなると健康保険は使えません。
彼女は中学生ということなので、親御さんの保険証を使うことになりますから、
親御さんには「これこれの日に、どんな目的で健康保険を使った」という明細が必ず届くので一発でバレます。

中絶に必要な費用は、場合にもよりますが、だいたい診察や手術等の諸費用込みで20万前後だったと記憶しています。