純正及び、GameAXE以外の互換機(MMC5対応の)では何故か動かないんで、
多分GameAXEの初期化チェックが甘いから奇跡的に動いているようです。
他のMMC5自作DEMOを数点動かしてみた感じから考察すると、
初回起動時のグラフィック化けと、純正で動かないこととは原因が違います。
グラフィック化けは出るものの純正で起動するDEMOもありましたし。
リセットすれば問題ないのでグラ化けは置いといてもいいかもしれません。
いろいろ試した結果、一番純正と挙動が近いのがFCEUXなので
これで動くようになれば問題ないとは思うのですが。