現実じゃなくて物語だから読者の納得が必要なんだよ
とは言え、唐突であることよりCLANNAD智代ルートの怠惰な朋也を踏まえた上で、
智代のいる高みを目指して努力して色んな人を幸せにしたのに、その努力が原因で結局そうなってしまうみたいな理不尽さがすっきりしないからであって
あれが朋也の物語じゃなくてあれは智代の物語で、智代がそんな理不尽さを精神的に乗り越える話なんだってわかって読めばそこまでおかしくないんだけど
朋也視点で話が進むから初見でそれは無理で、だからPS2版は何かすっきりしなかった所を河南子が激高するシーンでユーザーの憤りを代弁させることで解消できたから概ね好評だったんであって
ラストを少し変えて解釈の余地を残したこと自体はそこまで逆転の手ではなかったと思う

ごめん久々にまともに書こうとしたら長文になっちゃった