キャラライトが追加オブジェクトに反映しないのはライトのcullingMaskの設定ですね
https://docs.unity3d.com/jp/560/ScriptReference/Light-cullingMask.html
コイカツ体験版だとキャラオブジェクトのgameObject.layerが10（Chara)になっててlightのcullingMaskが1024になってます
2の10乗 = 1024は10番目のビットに1が立ってる状態で、10番レイヤーのオブジェクトにのみ影響させるって感じになってます
Cameraにも同じようにcullingMask設定がされてる場合があるので、そのままだと表示されない時とかlayerの確認してみるといいですよ
あとMMD4mecanimシェーダーが表示されない件なんとなく解決策見つかりました >>822で書いた方法では解決しませんでしたね
MMD4MecanimModel（MMD4MecanimModelImpl）スクリプトがないと表示されないみたいです
_Data\Managedフォルダの中にMMD4Mecanim.dllを突っ込んで
IPAプラグインとかでどこかのGameObjectにMMD4MecanimModelImplコンポーネントを付加しておけば表示されそうですよ