もしかして古いバージョンのTESVTranslator（v1.3.5）を使ってるでしょ？
古いバージョンだと原文がマッチする項目が全部翻訳の対象になってしまうから
上書きされてしまうのは仕様上正常な処理なんだな
v2.0以降のTtanslatorを使えば、EDIDごとに別の訳を割り当てできるから
「原文が同じ台詞が上書きされてしまう」という悩みが解消できるから
ぜひ乗り換えを
http://www.nexusmods.com/skyrimspecialedition/mods/134?
sseTranslator1.0.2bをSkyrimモードで起動するとtesvTranslator2.0.2bに
ちなみに、xmlを直接テキストエディタなどで開いてみると
バージョンによる違いがはっきりわかるよ