おそらくなんだけど、FNIS（GenerateFNISforUsers.exe）のことではなく
ゲーム起動後MCMに追加されるDD Integrationの項目内でスロットの設定をするんじゃない？
少なくともGenerateFNISforUsers.exeにはDDに関するチェックボックスはないし
ゲーム中におけるFNISの機能はモーション関連のスペルが追加されるだけなので
「GenerateFNISforUsers.exeでアニメーションを登録したあと、MCMにあるDDの項目で使う使わないを選択決定する」
という理解でいいのでは