MCMタブに「SOSRacemenu」設定が出ていればそれはXPMSEで
「Racemenu環境下でカスタムでPCの男性自身の形状を調節する」ためのadd-onを
導入していることを示します（互換パッチというよりカスタムパッチ）
SOSRacemenu.espのチェックを外せばNPC同様の通常処理に戻ります
これ以外の場合、1. カスタム種族か、2. NPCにも同様の症状が出ていないか確認してみてください
NPCの設定も保存されていない場合設定保存プラグインの動作に問題がある
可能性があります（再インストールが望ましいかもしれません）