>>524です
その後いろいろと試しててひょっとしてこれじゃなかろうかという原因が

ウチはFuz Ro D-oh - Silent Voiceの待機を6秒設定にして使ってるんですが、
→ダイアログが消えるのを6秒ぼんやり待ってるとモーションが始まらない
→ボタン押しスキップして強制的に会話を終わらせるとモーションが開始する

素人考えなのでまるきりの的外れかもですが
もしかしてダイアログが表示されたまま時間が経過しているうちにモーション発生のタイミングが過ぎてしまったりがあるのでは？