Flagsに「Use Template?」がチェックされていなければ
Template Flagsにチェックが入っていても使われていません。
なので、単純にTemplate for FemaleNPCを使いたい場合は
Flagsに「Use Template?」がチェックを入れ、
Template Flagsを「Use Traits」のみにして
TPLT-Templateを目的のテンプレNPCに指定してあげればいいはずです。
>Use TraitsにチェックすることでVoiceTypeもTemplate for FemaleNPCの方を参照してしまい
という問題がある場合は、通常のテンプレ利用はあきらめて
MiasLair.espのパッチ側で変更したいNPCのデータを次のように処理してください
・MiasLair.espのマスターにテンプレのespと同じものを追加
・Head Parts （テンプレNPCからコピー）
・NAM7-Weight （テンプレNPCからコピー）
・QNAM-Texture lighting （テンプレNPCからコピー）
・NAM9-Face Morph （Remove）
・NAMA-Face parts （Remove）
・Tint Layers （テンプレNPCからコピー）
・目的のテンプレNPCのFaceGenDataのメッシュとテクスチャを
MiasLair.espのFaceGenDataのメッシュとテクスチャフォルダにそれぞれコピペし
変更したいNPCのファイル名(先頭から2桁を00に書き直したFormID）に変更して置換
※上記の処理が面倒なら「NPCの容姿を移植するツール」を使ってもかまいません。
ただし、ツールを使って作成した美化パッチを他者に配布する場合は、
ツールによって移植された髪や眉などのテクスチャやメッシュの使用許可を
元MODの製作者に求める必要がでてくるかもしれません。