v4.9.1.0のoutfit studioなら顔データ弄ってexportしても見た感じ位置情報やら上下はおかしくならないよ
2020年6月頃に試したのが最後だからそれ以降はわからないけど

v4.9.1.0でもimport時に眼やら口やらが下にすっ飛んでいくからexport前にoutfit studio上で位置を合わせる必要はあるしboneの追加はできないけどね