メッシュの一部を削除すると頂点数が変わる（ポリゴン数が減る）ので
〜.triに保存されているモーフデータが効かなくなります
メッシュを編集した装備にもゲーム内でモーフデータを適用したい場合は
BodySlideで該当の装備を表示させた状態で、ウィンドウの一番上の段の
「Group Filter」の左にあるプロジェクト編集ボタンを押して
メッシュを編集した後にスライダー(=モーフ)のデータを作り直して
新規のプロジェクトとして保存し、そのプロジェクトを使ってBodySlideで
Buildしなおしてください。（Build Morphsは当然ONで）