BodySlideで出力した装備のクリッピングを単純に直すだけなら
OutfitStudioのLoad Outfitで該当のNIFを開いて

・クリッピングが発生している装備のメッシュを整える
・クリッピングが発生している箇所の人体のメッシュが見えない場合は単純に凹する
・今ある人体メッシュをリファレンスに指定して、クリッピングに関連するボーンのweightを装備側にコピーする
 (終わったらリファレンスを解除する)

という作業で済むはずで、むしろ

・人体のメッシュを別のものに入れ替える

これをやるとtriファイルで設定されているCBBE Morphsなどの
BodySlideやRaceMenuで利用されるモーフが解除されることになり
それらのモーフを利用するMOD(妊娠すると巨乳やボテ腹になる等)が
反応しなくなる
これを避けて人体メッシュの入れ替えや装備メッシュのポリゴン削除などを
やりたい場合は、プロジェクト編集をしてBuild Morphsをオンで
再ビルドしたほうがいい

・Referenceのweightを全部選んで

装備によってはパーツごとに手作業でweightの塗り足しや微調整が
加わっている場合もあるので、リファレンスからのWeightのコピーは
必要最低限に抑えておいたほうがいい