FNIS走らせた時にいくつか警告が出ているなら
それに該当するファイルを削除するなりいったんどこかへ対比させるなりして１つずつ確認すればいい。
自分もアニメファイルを入れすぎて重複してたりSE環境にLE用のアニメ入れてたりして
沢山警告が出てカカシになった事があるけど、警告出てるファイルをどかしたら直った。