OutfitStudioの体型（3BA）が黄色表示、つまりリファレンスという一時的なものだからですね
装備を合わせるためにツールの方で勝手に用意してくれてるだけで、本来の装備にその部分は含まれていないからです
揺れたときに中身の肌色が突き出してこないように身体の方を削ってる場合があって、これがそれに該当します
なので衣服を削ってしまうと本来そこに隠されていた透明部分が露出してしまうというわけです
解決策はLoadOutFitで体型に合った裸の素体を読み込んであげて、メッシュに含めることです
この場合は3BAかな？
このときKeepOtherShapeにチェックを入れておかないと、現在のメッシュを破棄して新しいものだけを読み込んでしまうので注意