同じパンツを履いててキャラによって脱いだり脱がなかったりするなら、そのシーンでそのパンツ(パンツは基本スロット52だが別スロットに充てられてる場合も多い)を脱がす設定じゃない可能性を疑う

違うパンツを履いてて同じシーンで脱ぎ着しないなら、それはもう完全にパンツのスロットが違うから一度同じパンツで揃えて正常に脱ぐか試す