端末が泥か林檎かでお勧めのアプリが変わってくるかもしれないけど私が使ってるのは泥
最初はKoboと連携できる楽天のReadee使ってたんだけど同期がうまくいかなくなって
ブックフォワードとMybookshelf使ってみて個人的にはMybookshelfの方が使いやすいかな
どっちもラベル(タグ)を買ったストア名とかで登録できる
買ったか作者名かタイトルで検索して確認してる
ちなみに本を新たに登録するときにMybookshelfは楽天BOOKSの情報しか今のところ検索できないので電子のみで配信されてる本は手動で入力して登録する必要がある
ブックフォワードの方はKindleの情報にも対応してる