VRは分かりませんが
modを公式プログラム(以下本体とする)に認識させるのに
少なくとも2つ工程が必要です

すごく大雑把な説明となりますが

@MoreSlotID
各種レーンに新しいスロットが追加されたことを認識させるツール
これを適用させないと
本体は未知の領域が指定されたと判断してmodを起動できません

AIPA
上記の工程で追加したmodに加え
既存スロットのモデル、テクスチャなどを上書きしたmodなどを
本体に認識させるツール

これ以外にも色々プラグインを噛ませていくと
手順が増えていきます
正しく適用できたか確認するときは@→Aの順で締めます

A以降に別の何か(公式upd含む)を噛ませたなら
もう一度@→Aの工程を挟まないと本体が認識できていません

それでもなお不具合があるなら
手順を間違えている、何かプラグインなどが干渉しているなど
別に解消すべき問題があるはずです

それを特定するのは本人以外現実的ではない(いわゆるオマ環ってやつです)ので
何を導入した、どこまでなら再現できたを一個ずつ確認していくしかない
問題が起きたとき特定が難しくなるので
慣れるまでは一気にmodを放り込むのはオススメできません