modを公式プログラム（以下本体とする）に認識させるのに
少なくとも2つ工程が必要です
すごく大雑把な説明となりますが
①MoreSlotID
各種レーンに新しいスロットが追加されたことを認識させるツール
これを適用させないと
本体は未知の領域が指定されたと判断してmodを起動できません
②IPA
上記の工程で追加したmodに加え
既存スロットのモデル、テクスチャなどを上書きしたmodなどを
本体に認識させるツール
これ以外にも色々プラグインを噛ませていくと
手順が増えていきます
正しく適用できたか確認するときは①→②の順で締めます
②以降に別の何か（公式upd含む）を噛ませたなら
もう一度①→②の工程を挟まないと本体が認識できていません
それでもなお不具合があるなら
手順を間違えている、何かプラグインなどが干渉しているなど
別に解消すべき問題があるはずです
それを特定するのは本人以外現実的ではない（いわゆるオマ環ってやつです）ので
何を導入した、どこまでなら再現できたを一個ずつ確認していくしかない
問題が起きたとき特定が難しくなるので
慣れるまでは一気にmodを放り込むのはオススメできません