アスペクト比の情報が消えてると思う。
その場合ならffmpegで書き込めば直るのでは？

ffmpeg -i 元ファイル名 -c copy -aspect 16:9 出力ファイル名

逆に横長なら4:3とか指定する。俺が実行してる例なので使い方は調べて。