まとめサイトは正しく編集されてれば便利だけど問題も起こってるわけで。
問題点として、

1、2chに利益誘導されないアフィ。
2、偏向編集。

だと思う。

1に関しては例えば2ch公式解析ツールを用意して導入を必須にする。
そうすればPV状況や広告クリックをもとにアフィ収入がどのくらいありそうか判断できるんじゃないかなぁ？
それによって寄付額を決定するとかどうだろう。
あの手のツールって提供元にも情報が伝わるんでしょ？
ごまかしにくくなるんじゃないかと。

2に関してはリアルな被害を生んでる実態があるんだから偏向禁止にする。スレロンダも禁止する。
対立する意見がスレ内にあるなら両方を過不足なく記載する。
記事のタイトルも偏らないよう配慮する。

とかはどうだろう？