IPAやBepInExはゲームに介入するための入口をパッチで作ってるのですが
UPPはその入り口をパッチを当てずに作れるようにするだけです
（プログラムの改造が禁止されてるので外部ツール利用の形にしようというのがしばりすやUPP）
UPP＋IPAは、IPAローダーと違ってIPAパッチを当てたのと同じ状態で起動するのと
ゲームが起動後は純正ローダー（IllusionInjector.dll＋IllusionPlugin.dll）で動くので
BepInEx＋IPAローダーよりUPP+BepInEx＋IPAの方が安定するようになると思います
あとはBepInExのIPAローダーはIllusionPlugin.dllがコイカツ環境にあると動かなくなるのが
環境切り替えのハマリやすいポイントなのですが、
UPP＋IPAの場合、ゲーム起動時にIPAフォルダから直接IllusionPlugin.dllを呼び出すので
IPAとBepInExの切り替えが簡単になるのがメリットかもです