エラーログが欲しいところですね
[Cfg]ショートカットキー設定が動かないという状況は一部のショートカットキーが利かないという事ですか？
それともショートカットキー設定全体がダメですか？
今その情報だけで考えられるのは[Cfg]ショートカットキー設定.csの文字コードがS-JISとかになってないかぐらいですかね
一度、メモ帳でもいいので[Cfg]ショートカットキー設定.csを文字コードをUTF-8を選択して保存し直してみて試してみてください
IPAの--verboseオプションでログを表示させて貼っ付けてもらえればもう少し調べられるのですが