Unity 2017.x と Unity 5.x でシェーダーのコンパイラ(?)に互換性がないのが原因らしい
SB3UでECのバニラから同名のShader Forgeをコピー(上書き)してくれば治るけど
そのファイルはコイカツで使えなくなる = SideloaderでKKとECのzipmodを1つのフォルダにまとめられる利点が失われる
なので別の解決策を考案中だと思う
使いたい髪型が決まってるなら自分で修正する
対象のKK髪modと同名のShader Forge/**** を含むECバニラの髪.unity3dを探す
SB3Uでコピー先(KK)とコピー元(EC)のunity3dを開く → コピー元の Materialタブ内から Shader Forge を選択して Mark/Unmark for Copying
→ コピー先 Materialタブで Paste All Marked → Save .unity3d
Export > Replace Files は今の所たぶん機能しない
ECシェーダーをKKアーカイブにコピー はできるけど逆はできない