新しいVerのランチャーは使っていないので詳しくはわからないですが、
旧verで一度試したことがありますが、
その時の分ではInitSetting.exeを置き換えて使う「アプリケーション」でした。
（特に問題があったわけではなく、私にとっては必要ないと判断しアンインストールして、その後のは使っていません）
とりあえず、BepInEx 5.4 とは関係ないと思います。
あとは、説明をよく読んで、ご自分の判断で