うちのほぼすべてのプラグインを手動インストールした環境だと問題なしで動いてる。
いろいろ原因が考えられて問題の切り分けが難しい。
まずHS2のインストールフォルダが変更されていないか確認(デフォが望ましい)
インストールされてるディレクトリ構造の中に日本語のフォルダーが入ってないか確認（日本語は無いほうが望ましい）
HS2自体が最新バージョンかどうか確認、DX前提のプラグインもあるかもしれない。
次にVNGEと、前提プラグインと、前提プラグインの前提プラグインの総点検、古いプラグインを使うことにデメリットはあってもメリットは無い。
一気にインストールしてくれるパッチがあるようだけど、自分はプラグインだけは手動で全部入れてる。
プラグインの出所がわかってるのは強い、頻繁にアップデートを繰り返してるから。
というか新バージョンプラグインを心待ちにしてて手動でインストールするのが楽しい。
それでもダメな場合modsフォルダを他に退避する、たまに悪さをするzipmodがあるため。