ダブりや重複が無くせるからファイル管理がしやすいと思う。
この場合、スレは分けても分けなくても良い。
両方のバージョンの話しが錯綜するから読みづらいカモだが、サンシャインの環境が落ち着けば読みやすさは今まで通りに戻るだろう。
無理なら、コイカツ無印とサンシャインに同じモデルデータでmanifestファイルが少し違うMODを配布する手間がいるかも知れない。
早々にコイカツ無印→サンシャインか、その逆の変換ソフトを作れば、配布時の手間は軽減できてユーザーが必要に応じてどちらかのバージョンのMODを作れば良くなる。
この場合、スレは分けないと混乱を招く。
似たMODの話しだけど文字通り違うゲームの話しだから。