クリーンインストールなんて話してないけどな…その手前の段階
\BepInEx\config 内にプラグイン別の独立した設定ファイルが使ってるプラグインの数だけあって
Graphicsならore.graphics.cfgを削除するとGraphicsだけ設定がリセットされるんだよ

今回は必要なかったようだけど
何かを上書きアップデートや再インストールする時に、設定ファイルって基本はリセットされないものだから
何の設定がどこに保存されてるのか把握してないと問題の切り分けができなくなるよ