つまらない答えで悪いけど試行錯誤して何とか…としか言いようがないね
キャラメイクに関しては、何体も作ってるうちに奇形になる範囲を理解するから良くも悪くも好みにできる
あとはまぁ他人のカードを拾いまくって、そこからちょっとずつ良い部分を模倣する人もいると思う
MODの使い方で自分の理解が及ばない時は、MOD名で検索かけて解説してるページを探したりもする

んでフォルダ構成って何のことよ？　windowsそのものの話かい？