ClipManagerを見るとCharaEditor continuous dataがトラッキングされてるので、そのせいだね。
具体的に何のパラメーターを操作し直してるのかは見えないんだけど、
キャラクリのパラメーターほとんどがキーフレーム内に打ち込まれていると考えて良いと思う。
だから各キーフレームを一つずつ確認して、
どこで何が変わってるかを目視でアタリをつけてメモ、
一旦CharaEditorのキーフレームを全部削除してから
キャラを差し替えて地道に再調整するしかないんじゃないかな
BlendShapesも使ってるし、
このシーンのキャラ差し替えはなかなか難易度高いと思う。
でもイイよね、KEI0719さん。自分も大好きです。