VR動画の加工が難しいのは言うまでもありません
ただ、方法は解っているし時間をかければ実用レベルになると思います

具体的には、
・左右の画像を(モザイクの範囲や粗さに関する整合性を考慮した上で)別々に処理する
・正距円筒図法(equirectangular)に変換された動画は魚眼に戻してから縮小&超解像する
などの必要があります

JavPlayerVRは事前に作成した加工データを再生時にリアルタイム合成する仕様で、
・非加工部分が劣化しない
・ファイルサイズ的に保存が容易
・他のプレイヤーで再生できないことが違法アップロード対策になる
という特徴を持つ予定ですが、実際に作れるかはわかりません
加工以前に使いやすいプレイヤーにするのが難しそうです

ちなみにQuest2を持っていて、動画はafesta.tvで購入しています
ストリーミングに対応できないため入手できる作品の少なさが問題です